Pada aspek kelembagaan LAZISMU UMY telah dilengkapi dengan legalitas
Lembaga yang disahkan berdasarkan SK Rektor Universitas Muhammadiyah
Yogyakarta kemudian diajukan ke Lazismu Wilayah DIY untuk dijadikan SK
Pengelola Kantor Layanan sesuai Undang-Undang (UU) Nomor 23 tahun 2011
tentang Pengelolaan Zakat. Pedoman baku LAZISMU UMY berlandaskan pada
buku Pedoman dan Panduan Lazismu Pusat sebagai rujukan dalam operasional
Lembaga ZIS.  Tahun 2021, LAZISMU UMY sudah memiliki kantor tetap sehingga dalam operasional kantor sudah memadai untuk menjalankan standar operasional kantor yang sudah di tetapkan.

LAZISMU UMY pada tahun 2022 menyusun program kerja dan menyusun
rancangan anggaran belanja dalam tahun berjalan agar menjadi Lembaga memiliki
dasar keputusan dalam menjalankan rencana strategis organisasi. Aspek lain yang
harus di cermati adalah jangkauan UMY sudah membantu para penerima manfaat
yang tersebar di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan.

Sebagai bentuk transparansi dan akuntabilitas, pada tahun 2022 LAZISMU UMY
menjalani audit dengan hasil Wajar Tanpa Pengecualian (WTP). Selain itu
LAZISMU UMY berupaya untuk menampilkan laporan di sosial media LAZISMU
UMY setiap bulannya agar dapat dilihat oleh donatur serta penerima manfaat.